北京同仁堂研究院組建于2007年，是由同仁堂股份集團科學研究所、同仁堂科技集團研究所及北京中研同仁堂醫藥研發有限公司三個單位組成的科研平臺，還包括一個國家級中藥復方新藥工程研究中心和一個博士后工作站。
同仁堂研究院科研力量雄厚，現共設有四個管理部室和六個中心,其中六個中心分別為藥學研發中心、藥理中心、臨床醫學中心、檢測中心、技術創新中心和中試中心，涵蓋了中藥制劑、質量分析、藥理藥效、臨床、保健食品等全方位的研究；建有良好條件的各類綜合實驗室，具備較高水平的各類實驗儀器設備，包括制備液相、超高壓（速）液、中壓液相等液相色譜儀、氣液相色譜儀、薄層自動點樣、展開、成像系統、近紅外光譜儀、液質連用儀器、原子吸收光譜儀、激光粒度測定儀器、紫外分光光度儀等先進的研究儀器設備；同時建立了一支高學歷、高素質、高水平的研究開發人員隊伍。在企業辦研究機構中，研究院的人數、規模、學歷等級等方面在行業內都是名列前茅。
研究院主要針對中藥復方新藥、新產品轉化、現有品種二次科研、出口產品、食品和保健食品開發、新技術的開發與應用等方面開展研究，并承擔了多項國家及北京市各類政府支持項目。研究院努力實現中藥復方新藥及相關技術全系統、全覆蓋、全過程的研究開發，全力為產品公司服務、推進成果轉化、解決生產經營實際問題，為同仁堂公司乃至中藥行業發展提供科研支撐和貢獻。
2016年，同仁堂研究院將根據集團和行業發展的要求，進一步發展和完善科研大平臺建設。為此，研究院堅持以人為本，為所有致力于同仁堂研究院可持續發展和為中醫藥事業奮斗的有志人士提供極具人性化的工作環境和廣闊的事業發展空間。
